Завод поседује важеће сертификате ISO 9001 (Систем менаџмента квалитетом) и ISO 14001 (Систем управљања заштитом животне средине) и међу првим је здравственим установама у Србији које су овај систем увеле у рад.
Примена ових стандарда обезбеђује јасно дефинисане процесе, следљивост, управљање ризицима и континуирано унапређење рада. За добровољне даваоце крви то значи сигурне и контролисане услове донирања, а за пацијенте гаранцију да су крв и крвне компоненте прошле строге контроле квалитета и безбедности.
У оквиру Службе води се и комплетна документација система менаџмента квалитетом и заштитом животне средине, уз праћење примене стандарда у свим организационим јединицама. Систем подлеже редовним интерним и екстерним проверама, а Завод се сваке године успешно ресертификује, потврђујући усклађеност са важећим стандардима и прописима.