У складу са захтевима стандарда ISO 14001, Служба спроводи системско и одговорно управљање отпадом. У установи се генерише значајна количина инфективног отпада, који се разврстава, обележава, привремено складишти и предаје овлашћеним оператерима у складу са важећим прописима.
Поред инфективног отпада, у Заводу се генеришу и друге врсте отпада: тонери, електрични и електронски отпад, папир и картон. Све категорије отпада се селективно прикупљају и предају на безбедно управљање, чиме се обезбеђује заштита здравља људи и животне средине.