Zavod poseduje važeće sertifikate ISO 9001 (Sistem menadžmenta kvalitetom) i ISO 14001 (Sistem upravljanja zaštitom životne sredine) i među prvim je zdravstvenim ustanovama u Srbiji koje su ovaj sistem uvele u rad.
Primena ovih standarda obezbeđuje jasno definisane procese, sledljivost, upravljanje rizicima i kontinuirano unapređenje rada. Za dobrovoljne davaoce krvi to znači sigurne i kontrolisane uslove doniranja, a za pacijente garanciju da su krv i krvne komponente prošle stroge kontrole kvaliteta i bezbednosti.
U okviru Službe vodi se i kompletna dokumentacija sistema menadžmenta kvalitetom i zaštitom životne sredine, uz praćenje primene standarda u svim organizacionim jedinicama. Sistem podleže redovnim internim i eksternim proverama, a Zavod se svake godine uspešno resertifikuje, potvrđujući usklađenost sa važećim standardima i propisima.