Osnovna uloga Odeljenja je da, na osnovu laboratorijskih rezultata, kliničkih zahteva i transfuziološke procene, učestvuje u izboru odgovarajućih krvnih produkata za lečenje pacijenata. Ovo je naročito važno kod pacijenata koji se leče zbog malignih, hematoloških, hirurških, kardiovaskularnih, plućnih i drugih oboljenja, kao i kod pacijenata kod kojih je transfuzijska terapija deo kompleksnog lečenja.
U okviru Odeljenja sprovode se imunoserološka i imunohematološka ispitivanja koja omogućavaju da se za pacijenta izabere odgovarajuća krv ili komponenta krvi. Posebno se vodi računa o pacijentima sa već poznatim antitelima, pacijentima koji su više puta primali transfuzije, pacijentima kod kojih je utvrđena imunizacija, kao i onima kod kojih je neophodan izbor posebno kompatibilnih jedinica krvi

U skladu sa nalazima, vrši se izbor kompatibilnih jedinica, tipizacija eritrocitnih antigena davalaca kada je potrebno, kao i pronalaženje adekvatne krvi za pacijente sa specifičnim imunohematološkim zahtevima. Odeljenje ima važnu ulogu u obezbeđivanju odgovarajuće krvi za složene kliničke situacije, uključujući slučajeve kada je potrebna krv za eksangvinotransfuziju ili posebno pripremljene komponente.
Poslovi Odeljenja ne svode se samo na laboratorijsko ispitivanje. Značajan deo rada odnosi se na stručnu komunikaciju sa kliničarima i pružanje informacija iz oblasti transfuzijske medicine. Na taj način Odeljenje učestvuje u donošenju odluka o optimalnoj primeni krvi i komponenata krvi kod konkretnog pacijenta.