U skladu sa zahtevima standarda ISO 14001, Služba sprovodi sistemsko i odgovorno upravljanje otpadom. U ustanovi se generiše značajna količina infektivnog otpada, koji se razvrstava, obeležava, privremeno skladišti i predaje ovlašćenim operaterima u skladu sa važećim propisima.
Pored infektivnog otpada, u Zavodu se generišu i druge vrste otpada: toneri, električni i elektronski otpad, papir i karton. Sve kategorije otpada se selektivno prikupljaju i predaju na bezbedno upravljanje, čime se obezbeđuje zaštita zdravlja ljudi i životne sredine.